在诊所设计中，消毒区的细节是非常关键的，同行间推荐使用的消毒设备，一般是被认为较有效率的。
牙科常用的消毒器械首推卡式压力蒸汽灭菌器，其所排出蒸气亦适当排放，以免破坏周遭设备。
放置化学消毒水的消毒盒，亦应排列整齐，分门别类，并应填记药水更新日期或有效日期，以确保消毒的效果。
灭菌和再供给区是临床工作终端的中心，将这块地区放置在中心地带，充分地装备这两个区域可以消毒和再存储所有的器械，假如我们准备创建一个小于10个治疗区的诊所，不要考虑将消毒的位置分散在多个位置，应该将消毒区放在中心。
一个正确的布局，使用起来顺手，持久，才是消毒中心设计的关键部分。
洗手间
口腔诊所由于出入的患者就诊时间较长，所以洗手间的清洁及感染控制的防范，便显得格外的重要。
洗手间的光线要充足，地面没有积水和湿滑，空气要流通，经常有人巡视保持清洁，而不是只在每天开诊前和停诊后才去整理和打扫。
洗手槽前可设置一面大的镜子，一来既可用来整肃仪容，二来又可增加亮度，延伸视觉空间。
马桶有蹲式马桶及坐式马桶两种。若以卫生的角度来看，则因蹲式马桶不和人体直接接触不易传染疾病，故较坐式马桶为佳。但若行动不便及身体过于虚弱者，则较适合坐式马桶。一般老年人和糖尿病患者都有尿频现象。有时要在诊所两三小时，要使用洗手间很多次。便盒旁还须安装稳固的金属扶手给老人和伤残人士使用。
展示区
展示区展示物品主要包括口腔卫生用品及各式假牙成品两大类。
（1）口腔卫生用品：各式牙刷、牙间刷、牙线、牙膏、漱口水、牙菌斑显示剂等。
（2）各式假牙成品：各式烤瓷牙、金属牙、人工植牙成品或模型、全口活动假牙、局部活动假牙等。
此外，如：恒牙及乳牙模型、牙周病、根管治疗及牙齿正畸模型亦可适度地展示。应注意展示精美口腔卫生用品及各式精美假牙成品。
储存区
储存区即贮存口腔诊所诊治患者所需物料及器材的地方。
牙科用石膏及印模材料，使用过后，务必将开口处封好，以免材料因吸收水气而变质，使用石膏后应注意下水管被凝固石膏堵塞。
此外，口腔诊所平日诊疗患者所拍下的术前、术中、术后幻灯片及照片保存簿、口腔健康教育资料、影片、录音带、图片、幻灯机、影印机等，均可分门别类地陈列及收藏，以符合口腔诊所业务需要。
医护休息间
医护人员在医疗区域工作的时间相当长，劳心、劳力。所以极需要一个能舒缓心情及松弛身心的休息空间。看书、泡茶、喝咖啡、睡个午觉的小空间，都应该是不可或缺的。
需要整齐一致的衣架、鞋架以及安全隐密的空间，若口腔诊所空间足够，可提供每位员工专用储物柜，以放置个人物品。至于太贵重首饰、纪念品及过多现金，则不适合带来诊所上班。
