口腔诊所的消毒室一般应设置在治疗区的中央，便于各个治疗区域的人员就近取物。口腔诊所消毒室必须分污染区、清洁区、无菌区、区域间标志明确，区域间应有实际屏障，路线及人流、物流由污到洁，不得逆行。装修时墙壁、地面等应使用光滑、耐清洗的材料，光线明亮，安装有紫外线灯或臭氧发生器等空气消毒装置。
消毒供应室的工作应为4个部分：即灭菌前清洗、干燥、分类、检查及包装，灭菌，储存，发送。储柜可以是光滑无缝的材料，如不锈钢、树脂、特质树脂等制成。表面需备有光滑的、透明的门。上面的架子及抽屉应能卸下消毒。储水池应有相应的溢水排水孔，并有足够的深度，以利浸泡器械及擦洗盘子。全自动水龙头与给皂器可预防病人之间的交叉污染。圆弧形墙角则可让手术区地板更易于清理。墙壁与底边的连接处采用弧线设计，这是为了减少消毒死角。
消毒供应室的储柜可以分为两个均等的独立的储层，以便储放消毒及污染的物品。
（1）污染区：污染区应设在靠近进口去，安装有洗涤用的自来水和下水道，并有足够大的位置放置清洗前的浸泡桶、污物箱和超声波清洗机等，如果使用一次性医疗器械的单位还应设有存放使用后器械的部位，浸泡桶和污物箱必须使用耐腐蚀和具有一定强度的材料如塑料制成，浸泡液为1：1000的高效复方氯制剂，时间为30分钟。
（2）清洁区：清洁区域的台面上应有足够的地方放置一些主要的消毒设备。如封口机、高压消毒炉、干烤箱等，设备按操作次序一次安放。
（3）无菌区：无菌区必须与前两个区域完全隔开，区域内放置经清洁区消毒完成的物品，与治疗区之间设有一个传递窗，医务人员取物时必须通过这个窗口进行传递，防止消毒后物品逆向进入污染区。此区域内的储物低柜底层离开地面不少于30cm。
