康复中心的功能分区主要包括康复医疗区、培训科研区、办公与后勤保障区，还可根据自身发展和立项情况设立居住生活区和预留发展区。医疗康复区位于园区主体，居中心位置，且临近主要交通要道，其他功能沿周边布置，同时应充分预留发展用地。
医疗区包括门急诊、住院、医技、康复等四部分，是康复中心的主要功能区。因为康复中心并不是大型综合医院，所以普通医疗部分只占很小比例。医疗康复区应设置在用地规整、地势平坦、采光充足、景观较好的部位，同时要设置在用地与城市主干道临近处，这样交通便利、目标性强。其中如果设置感染医疗区，其传染病门诊和病房应设置在单独区域，位于用地范围的下风方向，并与医疗区和生活区留有一定间距。
医疗区各功能区块关系及流线分析见下图。医技楼应位于中心地位;各建筑物中间保持的距离要适当，既便于联系又要避免干扰。康复训练用房应根据使用人员频率设置，多建设在临近病房楼的一旁。特殊功能和使用要求的康复用房应尽量单独设置。
医疗区功能板块流线与关系图
医疗区各医疗功能部分之间的交通流线复杂，一般包括四种类型的流线形式。第一类为外来人流，包括患者、陪同家属、探视者;第二类为工作人流，包括医生、技师、护士、职工;第三类为物品流线，包括药剂、器械、食物、资料;第四类为污物流线，包括垃圾、污水等。各类型流线应防止交叉，减少和杜绝院内感染，使医院内形成有秩序的动态环境，组合好各建筑空间，使各部门之间无穿越交通，采用信息诱导图标，引导医院内部流线。一般医生和患者，住院和门诊患者，成人和儿童患者，食品和药品供应路线均应分设，污物路线要隐蔽，各活动路线不应交叉。
